1. Skyrius įgyvendina šiuos uždavinius:
1.1. užtikrina buhalterinės apskaitos tvarkymą laikydamasis buhalterinę apskaitą reglamentuojančių teisės aktų, taip pat ministerijos apskaitos politikos reikalavimų;
1.2. atlieka finansų kontrolės procedūras, nustatytas ministerijos finansų kontrolės taisyklėse;
1.3. užtikrina, kad visos ministerijos ūkinės operacijos būtų įtrauktos į kompiuterizuotą apskaitą pagal skyriui pateiktus dokumentus.

2. Skyrius, siekdamas įgyvendinti jam nustatytus uždavinius, atlieka šias funkcijas:
2.1. organizuoja ministerijos įgyvendinamų programų iš ES struktūrinės paramos, ES techninės paramos, ES kitos paramos ir valstybės biudžeto lėšų detaliųjų sąmatų pagal ūkio ministro nustatytas formas ir jų pakeitimų rengimą;
2.2. rengia iš ES struktūrinės paramos, ES techninės paramos, ES kitos paramos ir valstybės biudžeto lėšų įgyvendinamų programų Lietuvos Respublikos finansų ministro nustatytų formų sąmatas ir jų pakeitimus pagal programas, funkcijas ir ekonominės klasifikacijos kodus;
2.3. tinkamai ir laiku tvarko ministerijai vykdomoms programoms ir projektams iš ES struktūrinės paramos, ES techninės paramos, ES fondų, ES kitos paramos, valstybės biudžeto lėšų, nebiudžetinių lėšų turto ir įsipareigojimų apskaitą;
2.4. kontroliuoja ministerijos vykdomų programų ir projektų iš ES struktūrinės paramos, ES techninės paramos, ES fondų, ES kitos paramos ir valstybės biudžeto lėšų išlaidų sąmatų vykdymą pagal išlaidų sąmatų straipsnius;
2.5. teisės aktų nustatyta tvarka atlieka veiksmus, susijusius su lėšų išmokėjimu iš ES struktūrinės paramos, ES techninės paramos, ES fondų, ES kitos paramos ir valstybės biudžeto programų ir projektų sąmatose numatytų lėšų;
2.6. sudaro ministerijos finansinę atskaitomybę, statistines, kitas ataskaitas ir teikia jas Lietuvos Respublikos finansų ministerijai, Lietuvos Respublikos valstybės kontrolei, kitoms valstybės institucijoms;
2.7. teikia reikalingą finansinę informaciją ūkio ministrui, Lietuvos Respublikos ūkio viceministrams, ministerijos kancleriui (toliau – ministerijos vadovybė), ministerijos vykdomų programų koordinatoriams, vadovams ir programų priemonių vadovams, Lietuvos Respublikos finansų ministerijai, Lietuvos Respublikos valstybės kontrolei, kitoms valstybės institucijoms;
2.8. dalyvauja priimant sprendimus dėl valstybės, regionų projektų ir projektų, atrinktų konkurso būdu, finansavimo, sudarant projektų finansavimo ir administravimo sutartis su pareiškėjais arba įgaliojant įgyvendinančiąsias institucijas sudaryti su pareiškėjais sutartis;
2.9. dalyvauja priimant sprendimus dėl ES struktūrinės paramos ir (ar) biudžeto lėšų, išmokėtų ir (ar) panaudotų pažeidžiant ES ir Lietuvos Respublikos teisės aktus, grąžinimo, susigrąžinant ES struktūrinės paramos ir (ar) biudžeto lėšas, išmokėtas ir (ar) panaudotas pažeidžiant ES ir Lietuvos Respublikos teisės aktų reikalavimus, iš projekto vykdytojo arba įgaliojant įgyvendinančiąją instituciją jas sugrąžinti, teikiant informaciją apie priimtus sprendimus dėl lėšų grąžinimo tvirtinančiajai institucijai;
2.10. dalyvauja priimant sprendimus dėl tolesnių veiksmų, susijusių su projekto įgyvendinimu, gavus įgyvendinančiosios institucijos informacijos apie nustatytus pažeidimus įgyvendinant projektą ir siūlymus dėl tolesnių su projekto įgyvendinimu susijusių veiksmų;
2.11. pagal kompetenciją dalyvauja kuriant ir plėtojant ES struktūrinės paramos kompiuterinę informacinę valdymo ir priežiūros sistemą (toliau – SFMIS), atlieka informacijos apie atliekamus veiksmus peržiūrą;
2.12. dalyvauja rengiant ministerijos finansų kontrolės sistemos veiksmingumui užtikrinti svarbių teisės aktų projektus, keičiant pirmiau nurodytus teisės aktus arba teikiant atsakingoms valstybės institucijoms pasiūlymus dėl jų keitimo;
2.13. pagal kompetenciją dalyvauja darbo grupėse klausimams, susijusiems su ES struktūrinės paramos, ES techninės paramos, ES fondų, ES kitos paramos ir valstybės biudžeto lėšų administravimu, spręsti;
2.14. pagal kompetenciją rengia ir išduoda ministerijos ar jos reguliavimo srityje esančių (buvusių) ūkio subjektų valstybės tarnautojams (darbuotojams), kurių darbo užmokesčio apskaičiavimo dokumentai saugojami ministerijos archyve, pažymas apie jų gautas pajamas ir pažymas apie draudžiamąsias pajamas pensijai skirti;
2.15. organizuoja piniginių lėšų, turto ir įsipareigojimų inventorizavimą;
2.16. užtikrina tinkamą gaunamų ir rengiamų buhalterinių dokumentų saugojimą ir perdavimą į ministerijos archyvą;
2.17. pagal kompetenciją dalyvauja ūkio ministro tvirtinamų projektų komandų darbe;
2.18. atlieka kitus ministerijos vadovybės pavedimus.